Trafi pyrkii vaikuttamaan liikenteen ympäristökuormituksen pienentämiseen. Trafi on sitoutunut myös lisäämään oman toimintansa ja toimitilojensa ekotehokkuutta.
Trafi haluaa myös vaikuttaa liikennesuoritteen laadun ja määrän kehittymiseen ympäristöystävällisempään suuntaan ympäristösääntelyllä sekä tietoa jakamalla. Merenkulun puolella toimitaan erityisesti Itämeren tilan parantamiseksi.
Osalla Trafin osastoista on ISO 14001 -standardin mukaisesti sertifioitu ympäristöjärjestelmä. Trafi laajentaa parhaillaan ympäristöjärjestelmäänsä tavoitteenaan kattaa koko organisaation kaikki toiminta.